Strukturní rozmanitost čtyřřetězcových struktur vznikajících v DNA a RNA
Téma již má řešitele.- Řešitel
- Martin Hanák - Gymnázium Brno, třída Kapitána Jaroše, příspěvková organizace
- Instituce
- Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
- Další údaje o pracovišti
- Oddělení Biofyzika nukleových kyselin
- Lektoři
- Zuzana Dvořáková
Úseky DNA bohaté na guaniny nebo cytoziny mají za určitých podmínek tendenci přijímat nekanonické sekundární struktury - guaninové kvadruplexy nebo cytozinové i-motivy. Zajímavé je, že tyto oblasti se nevyskytují v genomu náhodně, ale jsou umístěny spíše v regulačně důležitých oblastech genů a onkogenů a v telomerách. Existují důkazy, že tyto DNA struktury existují v živých buňkách a hrají důležitou roli v biologických procesech, jako je replikace, regulace (onko)genové exprese a správná funkce telomer. Guaninové kvadruplexy mohou také vznikat na jednořetězcové RNA. Zatímco ale DNA kvadruplexy představují vcelku podrobně probádanou oblast, o RNA kvadruplexech, které také hrají důležitou roli v procesech buněčné regulace, se to samé říci nedá.
Práce se bude skládat z teoretické i praktické části, která vyžaduje jedno- až dvouměsíční přítomnost studenta na pracovišti. Pomocí metod spektroskopie cirkulárního dichroismu, UV absorpční spektroskopie a polyakrylamidové gelové elektroforézy bude studován vznik a stabilita čtyřřetězcových struktur regulačně důležitých úseků lidského genomu v závislosti na jejich primární struktuře.