Interakce jaderných proteinů s guaninovými kvadruplexy v regulačních oblastech genomu
Téma již má řešitele.- Řešitel
- Blanka Vrbová - Klvaňovo gymnázium a střední zdravotnická škola Kyjov, příspěvková organizace
- Instituce
- Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
- Další údaje o pracovišti
- Oddelení biofyziky nukleových kyselin
- Lektoři
- Denis Šubert
- Podpora
- JCMM podpořila toto SOČ téma částkou 10 000 Kč na materiál a částkou 10 000 Kč na honorář školitele.
Za běžných podmínek zaujímá molekula DNA standardní dvoušroubovicovou formu. Avšak za vhodných okolností mohou sekvence bohaté na guanin tvořit neobvyklá uspořádání, tzv. guaninové kvadruplexy (G4). Sekvencí s potenciálem tvořit G4 se v rámci lidského genomu nachází víc než 700 000. Tyto oblasti se vyskytují např. v telomerách nebo i v regulačních oblastech genomu. U některých proteinů byly popsány vazebné motivy pro DNA, tzn. jejich části, které mají schopnost vázat se na DNA, v tomto případě na G4. Mezi tyto nejznámější motivy patří např. zinkové prsty nebo RGG motivy. V rámci tohoto projektu se budeme zabývat interakcemi proteinů s regulačními oblastmi v DNA o různých konformacích. Student bude tyto interakce zkoumat pomocí biochemických a molekulárně biologických postupů.