Pro školitele

RNA molekuly v neobvyklé cirkulární formě teprve nedávno upoutaly pozornost vědců jako potenciální nádorové biomarkery. Sekvenování nové generace je revoluční metoda, jež umožňuje extenzivní screening lineárních i cirkulárních RNA molekul přítomných v biologickém vzorku, jako je například nádorová tkáň. Softwarové nástroje pro zpracování dat ze sekvenování jsou ale většinou zaměřené na kvantifikaci lineárních RNA molekul a nezohledňují charakteristické znaky cirkulárních RNA. Cílem tohoto projektu tak bude vytvoření bioinformatické workflow, jež bude obsahovat všechny nezbytné kroky pro analýzu RNA sekvenačních dat se zaměřením na specifické znaky cirkulárních RNA. Jako vstupní data budou použity vzorky od pacientů s glioblastomem, nejagresivnějším typem mozkového tumoru. Vytvořená bioinformatická workflow pak bude použita pro identifikace cirkulárních RNA, které mohou sloužit jako potenciální biomarkery u pacientů s glioblastomem.

Student během projektu získá znalost molekulárně-biologických principů za vznikem a funkcí RNA, pochopí princip metody sekvenování nové generace i základní kroky nezbytné pro analýzu sekvenačních dat. Osvojí si také schopnost vytvářet efektivní scripty pro spoustění výpočetních úloh i základy programování v jazyku Python/R.