Pro školitele

Transkripce, tedy syntéza RNA pomocí RNA polymeráz, je jedním z dějů, které se odehrávají na DNA. RNA polymeráza typu II (RNAPII), která je zodpovědná za přepis genů kódujících bílkoviny, cestuje při transkripci po jednom ze dvou vláken DNA, a pokud je DNA poškozena, nedovede v syntéze RNA pokračovat. Toho buňky využívají při opravách DNA; RNAPII, která náhle zastavila uprostřed transkripce, může být signálem pro zahájení opravy DNA.

RNAPII může v buňce interagovat s celou řadou dalších proteinů. Jedním z nich je i BRCA1-BARD1, komplex, který v buňkách hraje klíčovou roli při opravách poškozené DNA. Tento protein je zároveň E3 ubikvitin ligázou, tedy enzymem, který zajišťuje připojení malé signální molekuly, ubikvitinu, na cílový protein. BRCA1-BARD1 komplex se po DNA pohybuje navázaný na RNAPII, a v případě náhlého zastavení transkripce z důvodu poškození DNA by mohl zajišťovat ubikvitinaci svého okolí včetně RNAPII. Ubikvitinace by v tomto případě sloužila jako jeden ze signálů pro opravné enzymy, že v daném místě došlo k poškození a je třeba ho opravit, případně vedla k degradaci RNAPII. K tomu dochází v případě, že poškození je rozsáhlejší a pokračování transkripce není žádoucí.

Cílem tohoto projektu je identifikovat místo, kde ubikvitinace RNAPII pomocí BRCA1-BARD1 probíhá, a způsob, jakým je ubikvitin na RNAPII napojen.

Student(ka) se při řešení projektu seznámí se základními technikami molekulární biologie, naučí se pracovat s buněčnými kulturami, izolovat proteiny a analyzovat výsledky enzymatických reakcí.