Studium interakcí DNA-vazebných proteinů se strukturou guaninového kvadruplexu
Téma již má řešitele.- Řešitel
- Lea Bělohoubková - Střední průmyslová škola chemická Brno, Vranovská, příspěvková organizace
- Instituce
- Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
- Další údaje o pracovišti
- Oddelení biofyziky nukleových kyselin
- Lektoři
- Denis Šubert
Nositelem genetické informace ve všech buňkách je DNA. Tato informace je charakterizována pořadím nukleotidů, repektive bází, z kterých je molekula DNA složena. Toto pořadí jednak dává informaci o sekvenci proteinů, jejich lokalizaci a funkci, ale také určuje strukturní vlastnosti samotné DNA. Standardně je DNA v jádrech uložena ve formě pravotočivé dvoušroubovice a ovinuta kolem proteinového lešení. Za specifických podmínek jsou však sekvence bohaté na guaniny schopné vytvářet i nestandardní sekundární struktury, nazývané guaninové kvadruplexy. V rámci lidského genomu se vyskytuje více než 700 000 oblastí s potenciálem tyto struktury tvořit, a to hlavně v regulačních oblastech genů, tzv. promotorech, či v koncových částech chromozomů zvaných telomery. Guaninové kvadruplexy jsou častým místem interakce DNA-vazebných proteinů. Tyto proteiny obsahují určité strukturní, či sekvenční motivy odpovědné za jejich vazebnou aktivitu.
Student se bude podílet na studiu povahy interakcí vybraných proteinů nebo jejich fragmentů s DNA o různé sekundární struktuře či sekvenci. K tomu bude využívat molekulárně biologické a biofyzikální nástroje a získá tak zkušenosti s prací v laboratoři, organizací práce a vedení detailních záznamů o výsledcích, které zúročí ve svém dalším studiu na VŠ.